Aunque existen vestigios arqueológicos anteriores a la época romana, no será hasta este período cuando se fijen las claves del modelo de poblamiento, teniendo su origen, posiblemente, en estos momentos.

El actual emplazamiento urbano de Lepe hunde sus raíces en los inicios de la Alta Edad Media. Así nos lo confirman las referencias arqueológicas que hoy conocemos. Los asentamientos líticos, protohistóricos y romanos se encuentran en el arco litoral que va desde La Antilla hasta la confluencia con el río Piedras.

Durante el dominio árabe Lepe conoció un gran desarrollo, convirtiéndose en el centro del área costera donde confluyen los ríos Guadiana y Piedras. Dependió administrativamente  de la taifa de Niebla pero una vez expulsados los árabes, pasará este territorio a manos de la orden del Temple, llevándose a cabo la ocupación de la zona por repobladores castellanos. Disuelta la orden sobre 1312, fue comprado Lepe junto con Ayamonte por doña María Coronel, en tiempos de Fernando IV, pasando a engrosar los dominios de la Casa de los Guzmanes, señores de Niebla, bajo cuya jurisdicción estuvo hasta mediados del siglos XV. Tras un largo período de querellas familiares, fue cedido junto con Ayamonte y La Redondela por don Juan Alonso de Guzmán, I duque de Medina Sidonia, a su hija doña Teresa de Guzmán como dote en el casamiento con don Pedro de Zúñiga, conformándose más tarde el Marquesado de Ayamonte. Seguirá unido a su historia hasta el primer tercio del siglo XIX, cuando fueron abolidos los señoríos jurisdiccionales. A partir de entonces comienza su andadura en solitario como una villa rural, agraria y marinera, inmersa de lleno en el sistema caciquil, imperante en la Restauración y muy arraigado en todo el territorio andaluz, para continuar aletargado durante los largos años de la posguerra.

 En los inicios de la década de los sesenta del pasado siglo, con modernos proyectos económicos y recogiendo sus antiguas señas de identidad, inicia una nueva trayectoria económica, turística y empresarial para convertirse en una ciudad moderna, enclave privilegiado, con un entorno natural incomparable, una agricultura pionera en sistemas de producción, cultivos e irrigación, una potente industria constructora y un sector turístico consolidado y en plena expansión.